Исполнительно-распорядительным органом епархии, находящимся под непосредственным руководством епархиального архиерея, является Епархиальное управление, которое имеет свою канцелярию, бухгалтерию, архив и иные вспомогательные отделы, обеспечивающие разнообразные виды епархиальной деятельности.

Епархия разделяется на благочиннические округа во главе с благочинными, назначаемыми епархиальным архиереем. Сегодня в Сарапульской епархии 9 благочиннических округов.

Благочиннические округа объединяют 79 приходов. Параллельно идет процесс организации новых приходов и передачи им разрушенных храмов. В тех местах, где храмов не было исторически, начинается строительство новых.

В 2021 году в Сарапульской епархии совершают служение 72 человека, из них священников — 68, диаконов —4.